微量氧气体分析仪使用过程中的注意事项主要可以分为以下几种：
1、分析仪取样管路的密闭性
微量氧分析仪的配套管线必须确保密封，很微小的泄漏都会使环境空气中的氧扩散进来，造成测量数值偏高。
虽然在测量中，样气压力大于环境压力，但样气中的氧是微量级的，根据法拉利定律，氧的分压与其体积含量成正比，大气中含有约为21%的氧，与以PPM计算浓度的样气的氧分压相差一万倍左右，因而气样中微量氧的分压远低于大气中的氧分压，当出现泄漏时，大气中的氧便会从泄漏部位迅速扩散进来。
其次，取样管线应尽可能短些，接头尽可能少，要保证接头及阀门密封良好，管线连接完毕后，应做气密性检查。
气密性检查的要求：0.25MPAm测试压力下，30分钟，压降不大于0.01MPA。
2、微量氧分析仪取样管材质的选择
管线材质基本上以铜质或不锈钢管线为好，次选聚四氟乙烯管。禁选乳胶管、白胶管之类管材，其气密性和材质抗渗透性太差，测量微量氧在标准测量压力下误差太大。管线外径通常我们选择6毫米或1/4IN，也有选择3毫米或1/8IN，总之，不锈钢管，清洗、脱脂，保持管内壁光滑洁净，对于痕量级（〈1PPMV）氧的分析，应选择内壁抛光的不锈钢管。所选择的阀门、接头，死体积应尽可能小。
3、取样分析的时候考虑温度的因素
为防止样品中的水分在管壁上冷凝凝结，造成对微量氧的溶解吸收，应根据情况对取样管线采取绝热保温或伴热保温措施。检测液氮中的微量氧时，尤其要注意加温措施，不然，由于氧沸点低于氮沸点13度，样品气不均匀气化，会使测量值严重偏低。
4、取样点离分析仪的距离越近越好
微量氧分析仪的测量位应尽可能与测量点接近，以避免过长的管线和过多的不确定因素，影响测量数据的可靠性。
5、样气取样过程要充分洁净
样品气中不能含有油类组分或固体颗粒物，以免引起渗透膜阻塞和污染。
6、样气中不能含有腐蚀性气体
样品气中不应含有硫化物、磷化物或酸性气体成分。这些组分会对燃料电池，特别是碱性燃料电池造成危害。
